“tal y como aseguran muchos expertos en temas del agua, como  Salvador Montenegro, Director del Centro para la Investigación de los Recursos Acuáticos, CIRA, una dependencia de la estatal Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua, la construcción de un canal interoceánico, que atraviese el Lago, sería inviable ambientalmente, especialmente si se combina con otros proyectos, entre los cuales se incluyen  entre los planes del Gobierno Nicaragüense en el Lago, como lo son:

1.- La irrigación masiva,
2.- la instalación de una central hidroeléctrica en el río San Juan y
3.- el canal interoceánico.

Estos proyectos, de efectuarse, ha dicho el mismo Sr. Montenegro, tendrán graves consecuencias ecológicas y ambientales tanto sobre el lago de Nicaragua como sobre el Rio San Juan, porque el paso continuo de buques en las esclusas ocasionará con el tiempo la contaminación del lago con agua salada. Además, el paso y estacionamiento de por lo menos 44 barcos por día, contribuirá a la contaminación química adicional del lago, el cual ya se encuentra gravemente comprometido por innumerables cloacas que vierten materias fecales en el mismo. Esta contaminación química se puede observar actualmente en el lago Gatún y Miraflores en Panamá. Consecuentemente, la contaminación química del Rio San Juan sería inevitable.

Asimismo, la presencia simultánea de un gran número de barcos en el lago, vuelve muy alta la probabilidad de colisiones, derrames y otros eventos frecuentes en estos canales artificiales, los cuales se convertirían en daños ambientales catastróficos en el caso de una dispersión de combustible o productos químicos tóxicos de carga en el agua. Consecuentemente, esta contaminación del medio ambiente por deterioro químico para permitir el paso sin interrupción de buques, llevaría a la muerte de este ecosistema único e irrepetible.

A todo lo anterior también hay que tomar  en cuenta que la Unesco, por decisión del Consejo Internacional de Coordinación del Programa sobre el Hombre y la Biosfera (MAB), acordó que la isla de Ometepe del lago de Nicaragua y el mismo lago que es el mayor depósito de agua dulce de Nicaragua, forman parte integrante de la Red Mundial de Reservas de la Biosfera. Finalmente es importante señalar que el proyectado canal necesitará una cantidad considerable de energía eléctrica para alimentar el sistema de 4 esclusas, las cuales a su vez necesitarán de un flujo de agua aproximado de 6.6 millones de metros cúbicos diarios para funcionar. Para la provisión de esta energía eléctrica es inevitable la realización simultánea del también previsto, Proyecto Hidroeléctrico Brito.  Dicho proyecto, que cuenta ya con el aval del Ministerio de Energías y Minas, MEM, contempla la construcción de dos murallas sobre el río San Juan; la primera antes de El Castillo, llamada "Presa San Isidro", cerca de la desembocadura del río Sábalo, y la segunda sobre el río Brito, en el istmo de Rivas, llamada "embalse Miramar", usando como fuente de regulación las aguas del Lago de Nicaragua.

Como efecto directo de estos diques el río San Juan, abajo de la muralla de 10 metros de altura, se convierte en un hilo de agua que volverá a recuperar un caudal navegable muchos kilómetros después, quizás hasta 20 kilómetros adelante, es decir hasta recibir las aguas de los grandes ríos costarricenses Sarapiquí y San Carlos.

Entre otras consecuencias directas sobre el ecosistema del Río San Juan, estos trabajos evitarían el intercambio de peces entre el lago y el río San Juan, deteniendo el ascenso del tiburón Leuca (Carcharhinus leucas) y del pez sierra,  poblaciones de peces  residentes en el Lago de Nicaragua. Recientemente se descubrió  que los ejemplares del Lago de Nicaragua abandonan las aguas delimitadas utilizando el río San Juan, desde y hacia el mar.

Con lo anterior, el proyecto de dragado del río San Juan, que tiene como objetivo recuperar su caudal histórico, y que inició hace poco tiempo, ya no tendría sentido, pues el río perdería su caudal. El proceso de dragado contempla evacuar tres millones de metros cúbicos de arena que se han sedimentando en el lecho del cuerpo de agua. Este trabajo se realizaría en una extensión de 30 kilómetros hasta la desembocadura, desde El Delta- sitio donde las aguas del afluente se están desviando hacia el río Colorado de Costa Rica y hasta el San Juan del Norte. Los dos proyectos, dique y dragado, dañarán las áreas del delta del rio Colorado, disminuyendo la zona húmeda con efectos ecoambientales no predecibles.”