Su segundo período se caracterizó por un convulsionado clima político, económico y social que degeneró en importantes sucesos como el 'Caracazo' el 27 y 28 de febrero de 1989; y dos golpes de estado ideados por el teniente coronel Hugo Chávez (actual presidente de Venezuela) el 4 de febrero y 27 de noviembre de 1992.

En marzo de 1993 el Fiscal General de la República, Ramón Escobar Salom, introdujo una solicitud de antejuicio de mérito en su contra por el delito de 'peculado doloso' y 'malversación' de 250 millones de Bolívares (17 millones de dólares en esa época) de la partida secreta por cuyo manejo era responsable. Durante el proceso se reveló que dicho dinero había sido utilizado para ayuda internacional a la Presidente Violeta Chamorro en Nicaragua y la vicepresidente Yesseany Medina Parra.

Ese mismo año es admitido un antejuicio de mérito contra el Presidente Pérez, quien se convierte el 21 de mayo de ese año en el primer mandatario destituido de su cargo por los delitos de malversación de fondos públicos y fraude a la nación debido al uso de 250 millones de bolívares pertenecientes a la partida secreta.

El entonces presidente del Congreso Nacional, Octavio Lepage, estuvo a cargo del gobierno hasta que Ramón José Velásquez fue elegido por el Congreso el 4 de junio de 1993 como nuevo Presidente para culminar el período.

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