A contrario sensu, en Centroamérica los países más afectados por crímenes de los gobiernos militares han optado por otro camino. En El Salvador, Guatemala y Honduras los gobiernos han preferido concederles amnistías a las juntas militares.

La decisión de fiscalizar los crimines de un gobierno militar u ofrecer amnistía es polémica y compleja. Incluso en el ámbito internacional este es un punto fuertemente discutido, y  cada posición tiene sus méritos. El profesor Jack Synder ha señalado que para crear las condiciones para la paz hay veces que se requiere negociar con malhechores en el corto plazo para eliminarlos como un obstáculo para la paz. Según su criterio, las amnistías permiten estabilizar zonas de conflicto, lo cual se logró, por ejemplo en Mozambique y Sudáfrica. Por el contrario, Richard Dicker afirma que las investigaciones de Human Rights Watch, han demostrado que la paz condicionada por las amnistías que conceden inmunidad por crímenes de guerra o crímenes contra la humanidad no es sostenible. Peor aún, se establece un precedente de impunidad de las atrocidades que alienta abusos en el futuro.

En este contexto, los ejemplos de Guatemala, El Salvador y Honduras son preocupantes. La  profesora Jo Marie-Burt señala que la violencia de las guerras civiles de los 1980 ha sido reemplazada por la violencia del narcotráfico. Según su criterio esto es resultado de una cultura de impunidad provocada por las leyes de amnistía.

Centroamérica, lejos de mejorar sus situaciones políticas y sociales, se encuentra ante una coyuntura amenazadora debido a la falta de seguridad y la violencia. Según Carga Global de la Violencia Armada, publicada el 27 de Octubre de 2011 en Ginebra, El Salvador fue el país más afectado por la violencia letal entre 2004 y 2009, mientras que Honduras fue el quinto y Guatemala el sétimo en el mundo.

Por otro lado, algunas de las personas sospechosas de los abusos durante las guerras civiles siguen en posiciones de poder. Otto Pérez Molina quien se perfila como ganador de las elecciones, fue un general durante la guerra civil guatemalteca de 1960-1996. Se estima que más de 200,000 personas fueron asesinadas durante esa época. Fernando Girón representante de Myrna Mack, una organización de derechos humanos, afirma que “ninguna persona que fue militar durante esa época es inocente de los hechos”. Sin embargo, hasta el momento nadie ha logrado presentar evidencia que lo vincule directamente con las muertes. Su popularidad se debe a creciente inseguridad. Debido al narcotráfico, Guatemala se ha convertido uno de los países más peligrosos del mundo. Durante la campaña electoral, treinta y cinco activistas o candidatos para puestos públicos han sido asesinados. Por otro lado, el partido de Pérez Molina excedió el límite de dinero permitido para la campaña presidencial. Pero nunca se reveló origen del dinero.

El Salvador, Honduras y Guatemala hoy día tienen sistemas políticos mucho más democráticos. Pero a la impunidad de las guerras civiles, la desigualdad social y la pobreza, se introdujo el crimen organizado transnacional, el cual se ha articulado con las pandillas y maras El resultado ha sido un incremento de la violencia. ¿Cuándo podrán estos pueblos disfrutar de justica y paz?